Vrijwel alle paarden in Nederland zijn min of meer besmet met inwendige parasieten. Vooral infecties door wormen en hun larven zijn belangrijk. Daarnaast zijn ook larven van de paardenhorzel vaak aanwezig.
Veulenworm infecties (Strongyloides westeri) komen voor bij jonge veulens. De infectiebron voor het veulen is het moederdier. Net na de geboorte wordt een bestaande sluimerende infectie in het moederdier geactiveerd en komen de larfjes via de moedermelk in het veulen terecht. Binnen 10 dagen na opname door het veulen kunnen de opgenomen larven zich al ontwikkeld hebben tot volwassen wormen die weer eitjes uitscheiden met de mest. De larfjes die uit deze eitjes komen kunnen dwars door de huid van het veulen kruipen en zo het jonge dier herinfecteren.
De E.coli (bacterie) veroorzaakt ernstige diarree bij veulens maar hoofdzakelijk tijdens de eerste vier levensdagen van het veulen. De bacterie wordt opgenomen uit de omgeving die daar normaal aanwezig is. Het veulen is beschermd tegen deze bacteriën door de antilichamen in de biest van de merrie en omdat de zuurtegraad in de maag heel hoog is. Hierdoor worden de bacteriën al gedeeltelijk uitgeschakeld in de maag. Antilichamen zijn eiwitten die helpen bij het herkennen en bestrijden van indringers zoals virussen en bacteriën.
Equine infectieuze anemie, afgekort EIA, wordt ook wel moeraskoorts genoemd. Dit virus is in 2006 in Ierland, Duitsland en Italië uitgebroken, maar inmiddels komt het al in veel meer landen over heel de wereld voor. Het EIA virus kun je onderverdelen in drie vormen. Dit zijn: